Pada matakuliah kimia organic I yang telah diajarkan pada semester sebelumnya,, mahasiswa diasumsikan telah memiliki pengetahuan yang kuat mengenai sifat-sifat dalam suatu molekul organic (intramolekuler) dan sifatnya apabila molekul tersebut berinteraksi dengan senyawa lain sehingga terjadi reaksi. Mekanisme reaksi substitusi, reaksi eliminasi, reaksi radikaler dan reaksi adisi telah diperkenalkan pada kuliah kimia organic I.  Dasar-dasar reaksi tersebut akan digunakan untuk mempelajari reaktivitas dari senyawa organic yang memiliki gugus fungsi tertentu pada matakuliah kimia organic II. Gugus fungsi merupakan pusat dari reaksi-reaksi yang terjadi pada senyawaan organic. Materi Kimia Organik II mencakup topic reaksi pada benzena dan benzena tersubstitusi senyawa alkohol, eter dan senyawa yang berhubungan,; senyawa amina, aldehid dan keton; asam karboksilat dan derivatnya; bahan pembangun sintesis: enolat dan karbanion;.

Keragaman hayati Indonesia, yang merupakan negara nomor dua terkaya didunia, sangat memungkinkan akan memberiakan  kontribusi sangat besar bagi negara apabila dikelola secara tepat dan terpadu. Beberapa spesies flora merupakan tanaman khas Indonesia atau hanya tumbuh di Indonesia (indiginous). Terlepas dari nama yang sangat beragam, apakah obat dari bahan alam, apakah obat herbal atau obat tradisional, semua kajian tersebut menggunakan tumbuhan sebagai obyek utamanya. Saat ini, peran ilmu kimia dalam mengelola obat dari bahan alam tersebut sangat penting mengingat pemanfaatan herbal sangat bertumpu pada senyawa bioaktif yang terkandung didalamnya. Satu tumbuhan dapat memiliki puluhan  senyawa bioaktif. Bisa dibayangkan, berapa juta senyawa bioaktif yang dapat ditemukan dari sepuluh  juta tumbuhan yang hidup di Indonesia? Belum lagi, bagaiamana senyawa bioaktif tersebut dapat berperan untuk penyembuhan  penyakit tertentu, sangat diperlukan pengetahuan yang kuat mengenai adanya  interaksi senyawa bioaktif tersebut dengan enzim atau reseptor yang berada dalam tubuh. Obat tradisonal kaya akan nilai-nilai kebaharuan dalam ilmu pengetahuan (kimia) maupun produk baru untuk industri. Oleh karena itu, pembelajaran pada matakuliah pilihan  obat tradisonal ini akan menawarkan kepada mahasiswa kimia UNDIP agar dapat  memberikan kontribusi berdasarkan keahliannya untuk dapat menemukan formula baru yang diyakini akan dapat mengobati penyakit tertentu.    


Sejalan dengan semakin banyaknya  materi yang diproduksi oleh industri dan dimanfaatkan masyarakat luas yang  bersumber dari senyawa-senyawa berkerangka karbon, maka mahasiswa kimia dipandang perlu sedini mungkin mendapat ilmu mengenai dasar-dasar konstruksi (sintesis) senyawa-senyawa karbon tersebut. Pada prinsipnya, pembelajaran pada matakuliah Kimia Organik I ini dapat dibagi menjadi dua bagian. Pada bagian pertama, mahasiswa diharapkan akan mampu menyimpulkan bahwa senyawa organik dibentuk atas dasar interaksi atom karbon dengan atom karbon atau atom lain, serta manarik kesimpulan adanya hubungan struktur dengan sifat fisik, sifat biologis dan reaktivitas. Pada bagian kedua, mahasiswa diharapkan berkompeten dalam mengaplikasikan mekanisme reaksi substitusi,eliminasi dan adisi untuk memprediksi produk reaksi

Matakuliah wajib bagi mahasiswa semester V Program Studi s1 Kimia Departemen Kimia FSM Undip. Matakuliah ini membahas metode identifikasi senyawa unknown bersumber bahan alam, atau proses sintesis dan sejenisnya, Identifikasi meliputi karakterisasi sifat fisikokimia, isolasi dan pemurnian senyawa unknown, serta karakterisasi struktur kimia secara kimiawi dan spektroskopi (UV-Vis, IR, MS dan NMR) 

Mata kuliah ini diarahkan untuk mengenalkan beberapa aspek yang berhubungan dengan obat bahan alam serta aplikasi ilmu kimia dalam pengembangan obat alam. Mahasiswa akan dihantarkan untuk memahami  roadmap pengembangan obat alam (dari hulu sampai ke hilir),  serta kedudukan ilmu kimia dan ilmu-ilmu lain dalam pengembangan obat alam.  Perkuliahan diarahkan pada rincian teknis pengembangan, dimulai dengan aspek budidaya, aspek standardisasi bahan obat tradisional (kualitas), aspek formulasi, aspek uji praklinis, toksisitas dan uji klinis.